Intuyo que con 64bits los programas te irán más rápido, pero hay algunos programas (no te sé dar ningún ejemplo) que no te correrán.
Si va a ser un PC dedicado única y exclusivamente al AutoCAD y al 3DStudio y dices que existen versiones para 64bits, yo si lo instalaría, pero no sé decirte como te irán de fluidos por el tema de la memoria y tal... no controlo mucho.
Siempre puedes formatear si ves que te van a pedales y ponerte el de 32.
Saludos!