Habláis de los MKV como si fuera un formato. La pregunta no puede ser más generalista, es como preguntar, qué se ve mejor, un AVI de 700 MB o un MPEG de 950 MB? Pues pueden ser exactamente lo mismo, lo único que son contenedores con códecs distintos, de ahí la diferencia de peso siendo la misma calidad, por ejemplo.
MKV es un contenedor, no un códec. El DVD-9 es un tipo de disco, ni un contenedor ni, evidentemente, un códec.
Aunque lo más probable es que sea de mayor calidad el MKV procedente de un BDRip, aunque con tan poca info podría hasta tener la misma resolución que el DVD original.
Saludos!