Hola, ¿que tipo/estilo de animación quieres hacer?, para una animación de estética flash/render puedes ver estos tres programas junto con "Synfig" o "Anime Studio"
Puedes tambien usar 'Adobe Flash' [pelicula Flash], que puedes exportar como video o como gif animado. Para Stop Motion cuialquier editor de video o cualquier software de gifs animados como 'Animation Shop PRO'
Animacion CGI, puedes usar 'Blender' o 'Maya', por ejemplo.