La que tiene chipset AMD990FX soporta hasta 4 gpus a 8X, o bien dos GPUs a 16X, pueden ser en SLI o en CrossfireX, la de AMD990X solo soporta dos GPUs a 8X en SLI o en CrossfireX, si no piensas usar mas de una tarjeta de video da lo mismo cualquiera, si piensas usar 2 tarjetas de video la que te da 16x para ambas.
Del Audio, la ASUS tiene mas opciones habilitadas del chip de audio, aparte de que dicho chip es de una generacion mas reciente, por ejemplo, tiene habilitado el DTS CONNECT y DTS Ultra PC II, con eso conviertes audio de 6 canales [5.1] a formato DTS y poder usar un aparato Home Theater de audio y escuchar ese 5.1 real, o bien, si el audio es de solo dos canales [2.0 o estereo] se crea un DTS 5.1 virtual. Eso es util en juegos donde tengas audio 5.1 real y poder sacarlo a ese aparato externo Home Theater, o bien en videos que tengas con audio 5.1 que no venga en DD o en DTS, por ejemplo en AAC 5.1 u Ogg 5.1, el DTS connect lo convertira a DTS 5.1 real y poder escucharlo en ese parato home theater. Todo lo anterior es usando la salida de audio digital SPDIF o HDMI.
Tambien debe tener habilitadas otras mejoras del sonido en general aparte del ecualizador.
Otra cosa comun en las ASUS son su sitema de LEDs que te indican el estado de la tarjeta madre y alguno de sus componentes, como funcionalidad de la RAM o de la tarjeta madre. Y una moneria lo del MyLOGO que es simplemente poder colocar uuna imagen, la que quieras, como pantalla de inicio cuando prendes la PC.
De gigabyte lo que me gusta es el DualBIOS, en un chip vienen dos copias del BIOS, una que puedes actualizar y otra que es de respaldo, cuando algo falla en el BIOS principal -el que puedes actualizar y modificar- automaticamente entra en funcionamiento el BIOS de respaldo y restaura el BIOS principal, reinicia el sistema y ahora si puedas entrar al BIOS principal y que funcione el equipo.
En ASUS cuando ocurre un problema del BIOS debes usar la funcion CrashFree BIOS!, donde requieres usar o un DVD -que es el que viene con la tarjeta madre- o una memoria USB con una copia del BIOS, aqui lo latoso es que la memoria USB sea compatible con el chip USB de la tarjeta madre, vamos no es comun que tengas ese problema pero cuando pasa si te desorientas un poco.
Como sea, ambas marcas son buenas