Asegúrate de que no tengas un keylogger. Yo instalé uno una vez y me pasó eso. Pensé que sería un virus y estuve casi un año sin poner acentos porque me daba palo formatear. Cuando me dijeron que podía ser del keylogger lo desinstalé y voilà, solucionado.
Así que si tienes uno, es probable al 95% que sea el causante.