Como te han dicho,mejor siempre SATA2, sino SATA, y si no ya pues IDE. Tiene una mayor velocidad de transferencia, y además los cables son mucho mas manejables, sin contar con olvidarte del concepto "esclavo/maeste". Ademas puedes montar RAID muy facilmente, ganando redundancia o velocidad.
Sin embargo, la mejora real en el uso de los discos no es tan buena, ya que la propia velocidad de los discos (de 7200 incluso de 10.000) esta muy por debajo del los teoricos 300MB/s del SATA2.
Por ultimo, decir que se mantiene un IDE porque lo utilizan muchos lectores/grabadores de CD/DVD, aunque éstos tambien empiezan a utilizat SATA como estandar...