Hay compañías telefónicas que detectan si estás usando el emule por sus puertos.
Lo de ofuscación de protocolo, como bien dice. Hace que el protocolo que usa emule esté como "mas camuflado" para que esas compañías que no te dejan usar emule funcione.
O eso tengo entendido.
Seguro que alguien te lo podrá definir mejor que yo.
Saludos.