Pues vamos a ver... no es facil de explicar...
En los origenes, la principal diferencia entre los nucleos de Windows y de Linux (o cualquier Unix en general) era que el primero es un "micronucleo", es decir un nucleo muy basico que se hace servir de controladores (o "drivers") para el manejo de la mayoria del hardware, mientras que Linux era un nucleo "monolitico", es decir, que integraba todos los drivers de dispositivo dentro de el mismo.
Lo que pasa es que eso cambio cuando aparecieron los "modulos" para Linux...
Otra diferencia es que el nucleo de Linux es de codigo abierto, y cualquiera con conocimientos (y ganas) puede añadir sus propias mejoras.
La ultima que se me ocurre es que el de Linux tiene dos versiones, la estable (con un numero de version par) y la inestable o beta (con un numero de version impar). El de Windows solo tiene una version (la inestable como ya habras supuesto

XDXDXDXD)