En los modelos personalizados más básicos, solo cambia el disipador.
Para configuraciones multigpu suele ser deseable el de referencia (lo verás llamado "blower" en algunos sitios probablemente), porque tira el aire caliente fuera de la caja.
Por contra, un disipador más tradicional, como el de la segunda, suele dar menores temperaturas a igual ruido, y en general más margen de overclock. De optar por estos disipadores es mandatorio tener una caja bien ventilada, ya que tiran el calor dentro en lugar de sacarlo fuera. Esa misma razón es la que los hace poco recomendables para setups multigpu.
En modelos personalizados más extremos (tipo la kingpin, o las ROG Matrix Platinum), suelen incluir fases adicionales que ayudan al overclock, y a veces extras majos como leds que indican la carga o puntos para medir voltaje, pero vaya, que muchas veces el limitante para el OC de la gráfica, más que las fases, es que toque un buen batch del chip.
Sea como sea, antes que comprar estas, espera a que nvidia presente la serie 900, que ya no queda nada.
Saludos