El que lleven un cable en Y, es para evitar problemas por insuficiente alimentacion.
A veces la corriente que proporciona un solo usb va muy justa, (suele pasar con conectores frontales en las cajas) y un disco duros de 2,5 puede dar problemas en algunos ordenadores o puertos. Eso no quiere decir que tengas que conectar los dos cables obligatoriamente. Si hay suficiente alimentacion, conectando uno solo tambien funcionara, y si no la hay, con los dos cables solventas el problema.
Lo peor es encontrarte con el problema contrario, que es tener un solo cable y no poder conectarlo en cierto puerto porque este no proporciona suficiente alimentacion y no tener solucion.
Un saludo.