Linux reconoce Fat32 asi q no deberia darte problemas.
De todas formas kizas mejor q te pases por "Software libre" ya q alli se habla mucho de Linux, yo lo uso pero nunca he puesto un HD externo(en linux), pero si pendrivers, moviles, mp3, psp etc.. y sin problemas, aunq claro, todos estos suelen tener formato FAT.