Con los cables IDE100/133 (los de 80 hilos) es muy importante respetar el orden de conexión de dispositivos, de manera que si pones un disco duro solo (como maestro), tienes que enchufarlo en el extremo del cable, ya que si no pueden producirse errores de lectura / escritura, al no tener las señales retorno. No es posible que lo hayas conectado al reves, ya que ni siquiera te habría reconocido el disco.
Por otro lado, es posible que el cable esté defectuoso. De los 80 hilos, muchos de ellos son hilos muertos, que están ahí para evitar interferencias con los hilos que sí llevan datos. Si alguno está roto, el cable funciona, pero con los problemas que comentas.
Con los cables de 40 hilos no existe ese problema, debido a la menor velocidad de transferencia de datos.
Saludos