El tipico autorun se capta a la legua... cojes te pones el tuyo con parametros de sistema, oculto y de solo lectura (desde CMD).
Te guardas el mismo archivo en otro carpeta del pen (y si quieres te creas un .bat que te lo asegure de nuevo como yo ^^).
En el insti... poneros un antivirus gratuito al menos cojones

. en 10 min lo tienes pasado a todos los PC de la red e instalado y configurado ^^.
Existen pen que se pueden poner en solo lectura... pero ya apenas se ven... si eres muy mañoso te puedes crear un U3 personalizado y a correr

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Otra opcion es desactivar los autorun de unidades USB en Windows.
La mejor solucion el sentido comun, salta el antivirus que tiene el S.O. y ya esta. Si tienes Linux te despreocupas.
La verdad... mi pen es de esos que tienen su autorun.inf modificado, se meten en 1000 PC, etc... pero al llegar al mio salta el antivirus (o estoy en linux y me la suda

) miro el autorun.inf y vuelvo a poner el mio ^^.
Otra muy buena posible opcion... un adaptador de microSD con pestaña para solo lectura ^^. Eso si que es mucho mas comun verlo y hoy dia son baratas

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Otra buena opcion que se me acaba de ocurrir... crear un .sh y un .bat que se encargue de restaurar el autorun.inf y borre cualquier carpeta en la raiz fuera de lugar (yo tengo mi pendrive estructurado con los portables, instalaciones, datos, S.O., etc.).
Yo no me ajotaria a tener un programa de esos inmunizadores en el pendrive ni de reparar con Wvista... me han jodido ya con las tonterias datos mios de interes ¬¬ (eso si, siempre tengo mis antivirus portables, y tal en el pendrive

), es mas facil hacer limpieza a mano.
En casos graves... backups de datos con escaneo y formateo completo de la unidad con un programa externos a Windows (usb_format por ej).