Programa que coja archivos de distintas ubicaciones automáticamente

Hay una forma mucho más cómoda. Crea una una carpeta compartida en el PC del profesor. Se configura para que cada ordenador cargue la "unidad de red" (esa carpeta), y los alumnos en lugar de copiar sus trabajos/exámenes en una carpeta personal, que lo hagan a esa unidad.

En una de mis épocas de estudiante de informática éste era el método empleado. "A las XX:XXh tiene que estar una carpeta con la nomenclatura tal y este contenido." A esa hora el profesor abría su carpeta compartida y se copiaba a su pendrive el contenido y borraba el contenido de la carpeta compartida.

Sino, les haces crear una cuenta en DropBox, entonces ellos podran mandartelo desde su casa o desde donde vosotros querais.
Si quieres mas informacion dejame un privado o por aqui y te ayudo

O puedes implementar moodle en clase.

Lo de la carpeta compartida en red es una muy buena y sencilla manera. Yo lo hacia así.

Muchas gracias a todos por vuestras respuestas.
Lo de la carpeta compartida ya lo probé, pero al ser tantos alumnos llegaba un momento que no se podían conectar todos a esa carpeta en mi ordenador, les salía que había demasiados equipos conectados a la misma. Lo del dropbox y el moodle son alternanativas interesantes, creo que casi me va a interesar más la del dropbox porque creo que el moodle tiene cierto periodo de aprendizaje y ya estamos a final de curso.
De nuevo muchas gracias a todos.

Hum, estás con un XP normal entiendo?

Si mal no recuerdo, la limitación es de 10 equipos simultáneos. Sino tendrías que emplear una versión servidor en tu máquina.
Si al menos tu equipo tiene ip estática (la privada) podrías instalar simplemente un servidor ftp en tu equipo y listo. Puedes probar con filezilla por ejemplo, en la web dispone tanto del cliente como del servidor, totalmente gratuito.

O sino, puedes poner linux en tu equipo, y con el software meiga puedes compartir en red local o internet una carpeta. Es de código abierto. Cero coste.

Tambien puedes aplicar un parche que hay para eliminar la limitación de 10 conexiones simultaneas.

No apliques parches en un centro de enseñanza. Es ilegal y la multa puede ser de escandalo.

Podrias usar un script programado en batch del tipo

:menu
cp \\IPDELALUMNO\RECURSOCOMPARTIDO\*.* %homedrive%\tucarpeta
set /p IPDELALUMNO+1
IF IPDELALUMNO GEQ 255 goto menu

no te dare el codigo mascado pero algo asi podria funcionar

PD: para que tu pc pueda tener acceso al recurso compartido necesitaras dar permisos al usuario que usas tu en la maquina de los alumnos y posiblemente usar NET USE en el script.

dropbox sin duda, encima les das k se registren con tu enlace de referencia y unos gigas extra de almacenaje que te ganas (aunque creo k las carpetas compartidas no se pueden modificar los permisos y ahi cualkier manazas o espabilado borra lo ke le plazca)