Si es para unir particiones sin tocar la de windows puedes usar el propio administrador de discos que tiene windows, entre en inicio y pulsa el boton derecho del ratón encima de Mi Pc o Equipo, en el submenu pulsa Administrar y te saldrá el programa, en la nueva ventana en la barra lateral izquierda veras algo como "administrar discos duros", pulsa ahí y a la derecha podrás hacer lo que quieras con las particiones.
Si es para tocar la propia partición donde windows está instalado debes hacerlo desde un programa externo a windows (por seguridad), usa el norton Partition Magic, instalalo en windows, y cuando apliques los cambios el solo hará reiniciarse al S.O. para trabajar con mas seguridad...
Para evitar problemas con posibles errores en la superficie del disco (si el disco duro es viejo), es recomendable escanear en busca de sectores defectuosos antes de todo.