eso depende de lo que cotillee el otro
puedes bajarte los binarios en vez del instalador del emule y así no te lo ve en soft instalado
puedes hacer que la carpeta del emule esté oculta
si usas winxp/2k puedes crear un usuario distinto para ti y que ese usuario sea el único que pueda mirar la carpeta del emule
aún así ten cuidado, porque el emule es una buena forma de llenar un disco duro, y si hoy hay libres 2 gigas y mañana hay 200 megas, eso canta
luego otros detalles menores como no guardar el directorio del emule en archivos de programa, ponerle a la carpeta incoming otro nombre (y restringir el acceso, claro)
etc, lo dicho, depende del otro (si es administrador del sistema lo del otro usuario vale para poco ^^UU)