Gracias, al final como seguía sin encontrar nada lo he hecho con winrar sin comprimir, también por el tema de registro de recuperación y que al partirlo en volúmenes he creado 10 volumenes de recuperación, por lo que en teoría aunque se corrompa algo no muy extenso podré recuperar los datos.
Me ha tardado casi 20 horas para 838 gigas y 1.009.875 archivos en 116.151 carpetas (14 horas para hacer el archivo y otas 6 para los archivos de recuperación), por si a alguien le interesa. La copia simple me tardó unas 6-7 horas.
Aún así me sigue interesando poder encontrar un programa que calcule los hashes, aunque no sea integrado en una base de datos, pues por lo menos que me exporte el arbol de directorios de una carpeta, los archivos y los hashes, y así poder hacer una búsqueda manual del archivo en concreto.
Gracias y saludos