Buenas, mira a ver si los archivos tienen tamaño, en principio, si tienen mas o menos el tamaño que deberían tener, como ya digo, en principio, no has perdido nada. Lo que debe haber hecho el malware ese es desvincular los archivos de de los programas que los abren. Lo que tendrías que hacer es darle al archivo que quieras abrir con el botón derecho del ratón, en el sub-menú abrir, darle a la opción abrir con... A partir de ese momento, buscas el programa que quieras que abra el archivo y le das, pero acuérdate de darle a la opción de debajo, que pone: utilizar siempre este programa para abrir este tipo de archivo. Si no te saliera el programa en la lista, tendrías que reinstalar el programa y el ya se encargara de volver a asociar los archivos.
Un saludo.