Puedes crear un paquete autoextraible con Winrar y tambien ejecutar un script que te cambie automaticamente los datos del registro. (Exporta las claves del registro que queires modificar, modificale los datos, y en el winrar extraible, ponle que ejecute el .reg de forma silenciosa y forzada (que no pregunte)).
Si lo que no quereis es que se vea la pass, puedes hacer un setup con ISS y que al extraer el .reg en temp o en la carpeta que quieras (por si hubiera un usuario que quisiera leer los datos para realizar cosas malvadas) y una vez ejecutado, que borre el .reg que has extraido y copie el acceso directo al escritorio.
