Puedes formatear el disco duro desde XP utilizando el sistema que quieras.
Solamente tienes que ir a Inicio->Panel de control->Herramientas administrativas->Administrador de discos
Allí encontrarás (si está bien conectado) el disco duro "slave". Si lo seleccionas y pulsas el botón derecho (vigila porque hay dos zonas que muestran opciones diferentes si pulsas el botón derecho en una u otra) podrás ver que te permite activar el disco, crear una partición y que te permite formatearlo en FAT32.
El problema es que si quieres instalar el sistema operativo Win98SE quizás lo más conveniente es que hagas lo que te dicen. Seleccionas arrancar desde CD en la BIOS, o arrancas con un diskette y seleccionas soporte para CD. Después instalas el sistema operativo. El orden de instalación debería ser primeramente Win98 y luego WinXP (aunque sea una reinstalación sobre el que ya tienes instalado, para que te actualice el arranque, arrancando con el CD de WinXP verás que te detecta la partición de WinXP y te da la opción de Reparar, que viene a ser actualizar).
¡Un saludo!