Es posible que el programa del propio disco duro multimedia (que normalmente está grabado en una serie de chips que están instalados en el interior de la caja del disco duro) esté limitando el disco duro para proteger las particiones que necesita para funcionar. En cualquier caso, no estoy seguro que Wii reconozca varias particiones en un sistema de almacenamiento (deberías preguntarlo en su foro correspondiente).
Sin embargo, si quieres continuar, yo te recomendaría desmontar el disco duro multimedia, y montar el disco duro (sea SATA o PATA) a un ordenador. En ese momento podrás tener total control sobre las particiones de la unidad.
Pero no te lo recomiendo ya que podrías cargarte la funcionalidad del disco duro multimedia como tal.
Casi es mejor que te compres un disco duro portátil de 2,5 pulgadas, le añadas una caja externa de 10 o 20€ y lo uses para la Wii exclusivamente.