En un principio la configuracion del ordenador de tu hermano, no tendria que tener problemas para ejecutar el Windows XP, lo he visto rular en un PII a 350 Mhz con 192 Mb de RAM, asi que prueba a reinstalarlo, por el disco duro, no deberias tener ningun problema, y quiza pudieras tener problemas con la memoria, porque segun la fecha de la placa base, y el chipset que utilice, puede no aceptarla, cojer la mitad, o toda, aunque si me dices que al menos lo arrancas, no creo que sea esto.
Para cambiar el sistema de archivos, se que para pasar de FAT32 a NTFS, solo necesitas ejecutar una linea en la consola de comandos, pero al reves, no se si se podra realizar, asi que para poder pasar de NTFS a FAT32, necesitaras un programa como el Partition Magic, que creo ahora es de Symantec, los del norton, y no necesitaras formatear el disco.
Aunque si vas a volver a instalar el Windows XP, prefiero el NTFS, que es mas rapido, porque el FAT32 reduce la velocidad conforme aumenta el tamaño de disco, mientras que NTFS es independiente del tamaño del disco, ademas, que perite utilizar unidades lógicas mayores.
Y si vas a instalar de nuevo el Windows 98, puedes hacerlo con el comando FDISK del disco de arranque del Windows 98, aunque tendras que formatear el disco para poder hacerlo, y temo que no podras utilizar una unidad logica que supere los 32 Gb, con este.