A mi también me ocurrió lo mismo y lo solucioné con el WinHIIP que es un programa que te permite, además de formatear el disco duro desde tu PC, también te permite crear las imágenes de los juegos y pasarlas al disco duro que luego montes en la PS2. Yo lo tengo organizado a través de una de esas cajas que sirven para conectar un disco duro o una unidad de CD o DVD al ordenador por USB, y es muy cómodo. Pero supongo que también funcionará si pinchas el disco duro que vas a meter en la consola en tu ordenador de la misma manera que si fuese un disco duro para el PC.
Por cierto, según tengo entendido el HDLOADER debería ser capaz de formatearte el disco en cuestión de segundos.