Que no arranque el sistema operativo al cambiar la placa base es algo normal, ya que hay que reinstalarlo.
Por cierto en que formato tienes el HD, en ntfs?
Y el ordenador donde lo provaste que SO tenía, el 98?
Si a las dos preguntas la respuesta es un si, ese seria el motivo de que no se viera el contenido el HD en el otro ordenador.
Si tienes algún problema para recuperar los archivos si quieres puedes probar el Knoppix.