Pues no estoy muy seguro, pero creo que el win98 normal no tiene buen soporte para usb, el que si lo tiene es win 98 SE (la segunda edicion vamos).
Una forma que se me ocurre de probarlo es entrar en la bios y ver si rula el teclado (en algunas bios se tienen que activar los teclados usb, me parece que pone algo de usb legacy keyboard o algo asi).
Si tienes oportunidad prueba el raton y el teclado en otro equipo y asi vas descartando posibles causas.
Otra opcion es revisar los conectores en la placa, que no esten sucios o sueltos...
Siento no poder ayudarte vamos.
Salu2