Ese problema es muy raro (si es de placa), ya que al conectar el Pen USB3 a un 2.0 debería funcionar (aunque no al 100% de velocidad), por lo que lo más probable es que sea el Pen el que está defectuoso y no la placa.
De todas formas mira en la BIOS si tienes activo el USB3, pero yo apostaría a fallo del pen.
Salu2