En Windoze XP/2000 está en C:\Documents and Settings\NombreUsuario\Datos de programa\Phoenix\Profiles\Default\DirectorioAleatorio\user.js
En Linux está en /home/NombreUsuario/.phoenix/default/DirectorioAleatorio/user.js
De todas formas, puedes buscar la opción poniendo en la barra de direcciones about:config. Allí te saldrá todo lo configurable.
Saludos