Hola. En teoría, cómo los tengas formateados, da igual, porque en la instalación hay un momento donde salen los discos que tienes y las particiones. Borra todas las particiones de 1 de ellos, crea sólo 1 para instalar windows (dejando el resto del disco sin particionar), por ejemplo de 150gb. Márcala y dale a instalar, automáticamente la instalación formateará el disco, creará esa partición de 150gb más alguna más que necesita para recoveries etc.
¿En la instalación en qué punto te quedas?¿Cómo has formateado los hdd's?