Rápidamente, que voy con prisa. Apache es un servidor web y el navegador es el cliente del mismo modo que vsftpd es un servidor ftp y smartftp es el cliente (supongo, no lo conozco

). Un servidor ftp no necesita un servidor web así que puedes probarlo sin demasiados problemas.
Hace mucho que no tengo un servidor ftp instalado, ahora si necesito algo estando fuera de casa uso ssh o dropbox. En su día usé pureftp y algún amigo usa ahora vsftpd (very secure ftp daemon). No te sé decir cuál es más sencillo, ni siquiera sé si pureftp sigue en desarrollo. Hay más servidores, como bftpd, proftpd...
ssh, secure shell, es una forma de conectarse a la shell a distancia y de forma segura, como telnet pero decente. Digamos que es como usar la terminal de linux (u otros) pero desde donde quieras. Para ello se necesita un servidor ssh (openssh es el común) y puedes conectar desde cualquier terminal, pero hay clientes de ftp (yo uso gftp) que permiten conectar mediante ssh sin necesidad de montar un servidor ftp. A mí me viene muy bien porque en mis ordenadores suelo tener instalado siempre un servidor ssh. Pero bueno, esto no es lo que necesitas, supongo, ya que esto va con usuarios reales y me imagino que querrás usuarios virtuales.
Si vas a tener poca carga de trabajo, con ese ordenador te sobra. Jdownloader no es un programa ligero pero no necesita un gran ordenador.
Lo del cliente de ftp para linux, pues hay muchísimos. Yo uso gftp, tienes lftp que no tiene interfaz gráfica, filezilla igual te suena más, KFTPgrabber me parece que es el cliente ftp oficial de KDE. Si lo vas a usar mucho una opción interesante es montar un ftp como si fuera un directorio más, lo cual se puede hacer también mediante ssh... Hay bastantes posibilidades, como ves, siento liarte más.
Para php ya no te sé decir, yo casi siempre programo con editores de texto plano como geany o kate. Un amigo usa eclipse para php, y me imagino que habrá mil formas más. Para MySQL sólo he usado phpmyadmin a nivel básico, no te puedo ayudar tampoco aquí.
Respecto a los juegos, no es que linux no trabaje bien con juegos sino que los desarrolladores no se animan por los motivos que sean, pero se pueden hacer juegos para linux sin problemas, opengl es el mismo para todos los sistemas. Hay juegos, comerciales no muchos aunque cada día hay más, y van muy bien; hay juegos libres decentillos (yo he estado viciado a temporadas al sauerbraten), y mediante wine se pueden hacer funcionar muchos juegos de Windows.
Mi ordenador lleva una gráfica integrada (nvidia 8300, 512MB), soy más de jugar a juegos viejos que un jugón, pero aún así, los juegos que tengo instalados:
- Nativos y comerciales: Regnum Online, Amnesia: The Dark Descent, Penumbra: Overture, World of Goo, Machinarium, Prey
- Nativos, libres y/o gratuitos: Glest, Gunroar, OpenTTD, Warzone2100, Sauerbraten, Revenge of the Titans
- Comerciales de Windows mediante Wine: Civilization IV, Tomb Raider: Legend, Worms Reloaded, Portal mediante Steam, Roller Coaster Tycoon 3 + expansión Empapados, Dungeon Keeper 2, Commandos 2, Commandos 3, Diablo II, Starcraft 2, The Witcher, Stars Wars: Racer (imposible de jugar en Windows > ME, por cierto).
Puedes comprobar qué juegos (y otros programas) de Windows van y cómo van en
http://appdb.winehq.org/Lista de juegos nativos para linux (son 3 páginas):
http://en.wikipedia.org/w/index.php?tit ... inux_gamesMenos mal que iba con prisa...