A ver, me cuesta un poquitín seguirte, pero de lo que te he entendido te respondo:
Lo de que los 500 Gb que te vendieron se hayan "convertido" en en 453 Gb reales es así, para resumirlo mucho te diré que las cifras con las que venden los discos están con una medida y las que usa realmente el sistema con otra medida distinta (siempre tienes menos Gbs de los que te vendieron).
El otro disco duro de 12 Gb que tienes probablemente no sea un disco duro "real" que está dentro del ordenador, si no una partición de tu disco de 500 Gb, y las particiones aparecen en Windows como si fuera un disco duro diferente.
Del resto de espacio en disco que estás perdiendo... pues no sé, ¿has instalado programas nuevos? ¿juegos? Ten en cuenta que algunos programas y juegos ocupan varios gigas (algunos juegos de 6 a 8 Gb tranquilamente). Si no, lo único que se me ocurre ahora es que sea el "Restaurar Sistema", una función que trae Windows que se va "apropiando" de espacio en el disco cuando lo necesita para que, si un día se te jode el sistema por lo que sea, puedas recuperarlo.
Siento no ser de más ayuda.
Saludos.