Puede ser problema del sistema operativo.
Con Windows XP cuando yo empiezo a mover cantidades importantes de ficheros (colecciones de imagenes) dentro del mismo disco duro interno, en operaciones tan simples como copiar o mover ficheros, me ocurre la mayoria de las veces que el sistema se bloquea.
Siendo un equipo en general bastante estable (Pentium IV 2,6 GH, Placa base Intel Bonanza, 2 GB Ram, dos discos duros Western Digital 120 GB, 80 GB 7200 rpm 8 MB Cache, Grafica ASUS 9600xt, Windows XP Prof)
Yo creo que la causa es que Windows XP esta dimensionado para usos personales, primando la seguridad, no para movimientos masivos de datos.
La solucion tu mismo la has encontrado y es lo que yo hago: procurar no operar con "demasiados" ficheros.
No entiendo porque has instalado los dos tipos de controladoras USB2/Firewire, con uno te hubiera bastado.
Suerte