Si es el hdd del sistema operativo (incluso con otro), es normal, mientras haces el test el sistema operativo sigue a lo suyo y accede al hdd para cosas variadas... y entonces se produce es "bajon", porque se esta leyendo/escribiendo de multiples sitios.
Si quieres asegurarte de que esta bien, pasale el SeaTools para comprobarlo. Y si quieres hacer un test de velocidad mas exacto, no lo hagas con SO instalado en él.