Probablemente sea algún tipo de corrupción, alguna clave que falte en el registro o el resultado de la infección de algún virus.
Yo te recomendaría que intentaras deshabilitar o eliminar los complementos del IE o intentarlo ejecutar en modo "Sin complementos" a ver si con ello mejora (supongo que no estarás usando el IE6, ¿verdad?).
Con estas cosas, yo siempre acabo formateando y reinstalando desde 0 sobre todo si el SO ya tiene unos cuantos años de uso, además porque cuando falla así el explorer, seguro que algo más también termina fallando...
Te recomiendo además un plugin para el Firefox, también está para el Chrome que se llama IE Tab que lo que permite es cargar con el motor del IE las páginas que tu quieras dentro del FF o el Chrome. En cualquier caso, poniendo el FF o el Chrome como navegador predeterminado, el Messenger cuando intenta abrir el correo lo abre con el navegador predeterminado así que puedes evitar el IE de todas maneras...