En windows XP y posteriores existe el shutdown en el cmd, para apagar el equipo es shutdown -s -t XX (XX el tiempo en segundos si lo quieres en minutos haces el calculo 60sx5m = 300s por ej.)
Sobre lo de la wifi, puede ser problema de la señal de algun tipo de incompatibilidad entre los dos dispositivos wifi, o también que intentes hacer demasiadas conexiones simultaneas (con P2P por ej.), no indicas si es un router y una tarjeta PCI, USB, 2 routers?
Saludos