Si ya tienes instalado el Ubuntu en su correspondiente partición únicamente, descargate un disco que se llama SuperGrub. Buscalo por google, te lo descargas y lo grabas.
Ese disco a parte de las muchas opciones que tiene es de poder arrancar de la partición en vez de la MBR.
Una vez ya hayas arrancado la partición de Ubuntu y ya hayas entrado completamente, metete en la consola y escribe lo siguiente como SU:
update-grub (o grub-update, ahora no me acuerdo)
A ver si te sirve de ayuda.
EDITO: tambien hay un programa bastante bueno para arrancar particiones que se llama, Acronis OS Selector. Pero primera prueba la primera opción que te he dicho.
Saludos.
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