Los drivers de nvidia , para portatiles con integrada y dedicada nvidia ,llevan una tecnologia llamada nvidia optimus , que ellos mismos cambian de un adaptador a otro dependiendo de las necesidades.
Por lo tanto tu estas en el escritorio, usando la intel, metes un juego , y te usa la nvidia.
Eso es asi, su forma de funcionar.
Ahora , que tu quieres deshabilitar alguna ( por el motivo que sea...), es muy probable que lo debas hacer desde bios.
Depende de tu bios hay una opcion para elegir si quieres usar la integrada o "switchable" para que decida el driver cambiar de una a otra.