Primero, antes de nada, describe detalladamente tu PC, que procesador, fuente, gráfica, placa, etc.... a parte, que tipo de refrigeración tienes instalada, si es el ventilador OEM del procesador, la caja que tienes, si esta bien ventilada, etc...
Te pregunto todo esto por que tiene pinta de que tu problema puede llegar a ser por temperaturas, ya que si un equipo se apaga cuando esta haciendo algún proceso de alto rendimiento el PC suele apagarse por altas temperaturas para protegerse.