Mientras haya algún EXE ejecutándose va a dar problemas.
Lo único que se me ocurre es que hagas que se añadan las claves al inicio, antes de que cargue nada.
Te he preparado un archivo para hacer esto, extrae todo en el Escritorio y ejecuta el archivo "Añadir entrada de inicio al registro.reg", esto añadirá una entrada al registro para que se ejecute el archivo "Restaurar.cmd" al inicio UNA VEZ. Éste archivo lo que hace es añadir las claves desde MS-DOS. Reinicia y cruza los dedos xD.
Si sigue sin poder, prueba a ejecutar el archivo "Restaurar.cmd" desde el Modo seguro (Modo a prueba de fallos), pulsando F8 antes de que arranque Windows y seleccionando esa opción.
Saludos.