¿No será alguna APP de fondo que se pone a tirar de CPU a saco durante un breve instante?
Abre el administrador de tareas, déjalo en la pestaña de rendimiento y ponte a jugar. Nada más te pase sal al escritorio y mira a ver si tienes algún pico en CPU o disco duro o algo. Si tienes W8 lo verás mejor, pero en W7 también se ve.
Igual es algún antivirus o malware o vete-tú-a-saber-qué que se pone a hacer sus cosas (analizar, actualizar, lo-que-sea) y te ralentiza el equipo. Si mientras no juegas no te pasa puede ser por que tiene recursos de sobra, mientras juegas ya que está tirando de CPU si de repente necesita más igual el juego se queda tieso.
PD: Yo pasaría por si acaso algún anti-malware, como superantispyware o malwarebytes.
