Solo es una idea, pero puede ser lo mismo que los teclados inalambricos que tardan en "sintonizar" mas de lo debido, es imposible entrar en la BIOS porque no responden a tiempo.
Puede ser simplemente que el disco duro tarda en arrancar mas que la BIOS y durante ese proceso todavia no este activo.
La solucion es que no apagaras el disco duro o lo encendieras un poco antes que el equipo. Si tiene alimentacion propia es facil, si solo se alimenta por USB debes tener configurado el ordenador para que de corriente por USB aunque este apagado. Si apagas todo en una regleta y lo conectas a la vez espera un poco antes de encender el equipo.