Estás seguro de que lo has programado bien? A mi me pasó en mi focus al cambiar la batería, y haciendo lo que me dijeron (ya no me acuerdo, pero contacto on-off y con el cristal subido a tope, soltar y volver a dar arriba al pulsador o algo así) se solucionó. Si has tocado algo eléctrico en el coche es posible que solo se te haya anulado el automático.
Yo creo que si se te hubiera jodido la pestaña del botón como dices, directamente no funcionaría.