puede ser por las prioridades que tiene el juego en el sisema, si tu ordenador anda justillo le metes un juego y el emule en segundo plano, el ordenador dirige los recursos mayormente al juego cortando las descargas ( en un juego se lee de disco duro y en las susbidas tambien, pero en las bajadas se graba que es un proceso algo mas costoso) Si a esto le añadimos que tengas el disco duro mu fragmentado la cosa se agraba.
Es una teoria no puedo decirte con mas exactitud, prueba ha hacer un defragmentado de disco duro con una herramienta de terceros (la que trae el windows es basura) y ten entre un 20-40% de disco duro libre esto te ayudara tanto en le defragmentacion como en el rendimiento.
Otra cosa que se me ocurre es si tu ordenador se conecta por wifi los procesos de alta prioridad pueden generar microcortes que hacen que pierdas la conexion sin enterarte durante segundos, los suficientes para sacarte de la fila del emule pero no para que te salga el mensage de red desconectada.
De todas formas si se te corta la conecxion o se te para el emule por falta de recursos, cuando los tenga apreciaras que la descarga esta a 0 y la subida esta al maximo, es lo normal al conectarte, las subidas son inmediatas pero las descargas tardan un rato en lograr fuentes y llegar a su "turno"