Por fin consegui hacer que funcione la tarjeta y formatee bajo windows aqui os dejo los pasos por si alguien le vuelve a pasar:
Primero que hay que hacer un full format a la tarjeta en este link informa como hacerlo:
wiki/DS_Linker A,B,L,R + Up justo antes de entrar en el menu de la consola.
Despues de formatear hay que conectar el cable usb al pc y se copia estos archivos(todos menos xmenu.dat) en la ds:
http://www.dslinker.cn/http://www.dslinker.cn/soft/ se alojan en esta web y habria que descargar :
Upgrade Method 2:(If can not upgrade by Method 1, then use Method 2)
Hay nos fijaremos que hay un archivo que se llama NAND_ALL.bat
Entonces al encender de nuevo la consola con el cable concctado deberemos pulsar AB LR + UP y aparecera un mensaje en rojo.
Ahi si nos deja entrar en la carpeta de la tarjeta pulsamos el archivo nand_all.bat desde el ordenador, sino es posible con otra carpeta donde hayamos descargado archivos lo pulsamos y se auto ejecuta creando la configuracion nueva.
Reiniciamos de nuevo formateando la consola en modo rapido L+R+A+B+DOWN copiamos a posteriori el archivo xmenu.dat que habia en la carpeta nand_all.bat que anteriormente no habiamos copiado a la tarjeta.
Tras la copia del menu se reinicia consola y se encuentra el menu dslinker, y si es necesario actualizarla solo habria que descargarse la version 2.55 y copiar el archivo xmenu.dat en la ds sustituyendo el antiguo
Bueno gracias a todos por vuestra ayuda y animo para el que meta la pata como yo.
suerte un saludo y espero haber podido ayudar a alguien