"Problema" con disco duro externo...

Si el backup es con algún software (tipo Time Machine) tal vez sea porque le agregue un marcador para el rollback ... no sé, la verdad es que el número de archivos es exacto ...

Nop, es copia directa "a mano"

Lo mismo hay algún archivo oculto?

Lo mismo tal vez sea el sistema de archivos de cada disco duro y el tamaño del cluster de cada uno de ellos.