En mi viejo portátil, al instalar linux, la partición de recuperación se me jodió. Bueno, no es que se joda, es que ya no se puede arrancar desde ella a no ser que la toquetees un poco.
Con el Partition Magic puedes ponerla para que se bootee desde ella y ponerla como activa. Esto he hecho yo con el portátil que tengo ahora y me funcionó.
Por cierto, tu Windows imagino que será OEM, el típico que viene de fábrica con programas preinstalados especialmente para tu netbook. La licencia no te sirve para una copia normal de Windows. Esto me ha pasado con el Home Edition. (Ahora voy a pillarme el Profesional, que me lo dan gratis por ser estudiante).