Si no quieres usar un defragmentador, la unica solucion que veo es que pases el contenido de esa particion a otra u otro disco.
Si lo que le pasa a esa particion, probablemente, sea que esta llena de muchas carpetas, (mas de lo corriente) y muchos archivos pequeños, es normal que este tan fragmentado y la solucion seria que comprimieses las carpetas que tengan mas archivos en archivos rar (o el que quieras, pero por velocidad, recomiendo este formato) y una vez tengas el contenido de estas carpetas en un solo rar o en una decena, no importa, las borres. Defragmenta entonces, pero no uses el de windows que lo deja fatal.
Usa el Diskeeper o el PerfectDisk, no recuerdo cual de estos era el que me dio buen resultado, se que uno de ellos me iba mejor que el otro, ya que hice una defragmentacion "rapida" y luego una offline y me solucionó el problema.
(Ciertos archivos y directorios aparecian bloqueados por el sistema, pero en la defragmentacion offline, se solucionaba.)
A lo mejor tambien te ocurre, que esten bloqueados esos archivos y por eso no te solucionan la defragmentacion.
