Si te refieres a la contraseña del propio Windows instalado, sí. Lo vas a "machacar" con la nueva instalación, pero cuidado con la licencia, que si no la tienes también la perderás.
Sin embargo, existen métodos de proteger con contraseña durante el arranque, sin haber llegado a Windows: poner una contraseña en BIOS. Esa no la vas a resetear con la instalación de Win.