Y el 65816 de SNES tampoco implementa algunas instrucciones no documentadas que usaron algunos de los últimos juegos y algunos juegos sin licencia de NES. Aunque existiera todo el hardware, incluyendo el sub-sistema gráfico, no sería compatible con todo el catálogo. Pero, no sé si existe una retro-compatibilidad incluso por hardware perfecta en ninguna consola, lo dudo.
Puede que en algún momento muy temprano del desarrollo de SNES se valorara la retro-compatibilidad, pero dudo que nunca se explorara dado el coste de implementar el resto de sistemas. Sencillamente Nintendo buscaba una versión de 16-bit del 6502 y fue Apple el que se la encargó a WDC, empresa creada por ex-trabajadores de MOS y que tenían algún tipo de relación con Ricoh, que compraría el diseño del 65C816 y se lo vendería a Nintendo.