a ver, en principio el core de windows (el kernel) está compilado para 64bits (soy yo o esto cada vez se parece + a linux
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), por lo tanto el windows en sí seguramente te pateará mas, el temazo viene cuando pones a correr una aplicación 32bits, hasta donde yo sé, windows te hace una emulación software de la capa 32bits para correr esta aplicación... con lo cual vas a perder un montón de recursos.
Esto es lo que yo tengo entendido que puede que no sea verdad.
Lo que sí tengo claro es que si pones win32bits y apps 32bits, amd te hace la emulación a 64bits por hardware directamente, no es tan rápido como tener aplicaciones 64bits corriendo pero es mucho mejor que la emulación soft.
Si fuera linux y pudieses compilarte las aplicaciones a 64 bits, sería completamente diferente (a parte que el kernel de linux es bastante más potente que el de windows)
Espero que te sirva de ayuda