Puedes dar más info? Utilizas grupos de usuarios de Active Directory? Tienes el servidor linux unido al dominio?
NO sé , pero si todo lo que te pregunté es afirmativo, podrías hacer que un determinado grupo de windows tenga permisos de modificación en la carpeta compartida con samba en el linux.
Para eso debes unir el servidor al dominio, tocar la PAM para que acepte autenticación por Winbind (Ojo con esto!!!) y configurar samba para que puedas modificar en el recursos.
Si googleas un poco encontrarás guías de cómo hacerlo.
Saludos